Um controle customizado é utilizado normalmente para inserir um conteúdo que pode se repetir em várias páginas e para não ter de editar o conteúdo diversas vezes esse controle se torna a melhor opção.
Dependendo de como seu layout estiver programado alguns controles customizados já estarão criados e basta você editar com suas informações. Os mais comuns que poderão estar na sua loja são:
Ao encontrar basta clicar em cima do controle e assim que o mesmo estiver com fundo azul clique em "Update" na barra de ferramentas acima da lista. Veja na imagem abaixo.
Caso precise criar um controle customizado para sua loja basta acessar o admin do portal da sua loja em CMS > Customs Elements e clicar em "Add" na caixa de ferramentas acima da lista de controles.
Ex.: <vtex.cmc:institucionalSideMenu />, no lugar de "institucionalSideMenu" insira o que escreveu